Наука в COCOFLY: что настоящее, а что карикатура

English below

COCOFLY — игра, а не симуляция. Ниже честно перечислено, что взято из реальной биологии Drosophila melanogaster, где именно в коде это лежит, и где игра намеренно упрощает или выдумывает. Все утверждения о мозге ниже относятся к взрослой мухе; ссылки — в общей библиографии в конце документа.

Главный дисклеймер. Поведенческая модель Коко (web/src/core/sim.js, actions.js, brain/neuro.js) — это набор игровых показателей 0–100 и функций полезности. Она не является симуляцией коннектома: ни один из 25,6 млн синапсов не участвует в выборе, что Коко будет делать. Облако нейронов на вкладке «Мозг» подсвечивается заранее рассчитанными клипами активности, которые выбираются по текущему действию, а не рассчитываются в реальном времени.

1. Атлас нейропилей — настоящий

Файл web/src/core/brain/atlas.js, массив NEUROPILS (28 областей). Названия и аббревиатуры — по единой номенклатуре мозга насекомых Ito et al. 2014 (LA, ME, LO, LOP, AME; PB, FB, EB, NO; CA, PED, доли ГТ; AL, LH; SMP, SIP, SLP; AOTU, BU, LAL; AVLP, PLP, WED, AMMC; GNG; VES; SPS). Описания функций каждой области (role) — сжатые пересказы учебниковых данных с указанием ключевых нейронов (T4/T5, LPLC2, E-PG, Δ7, R5, dFB, клетки Кеньона, MBON, PAM/PPL1, гломерулы DM1/DM2/DM4, V, DA1, DN1, LNv/LNd, P1). Координаты на схеме — иллюстративные (фронтальный вид, не в масштабе), группировка по цветам — игровая.

Каждая область ссылается на онтологию анатомии дрозофилы FBbt через поиск в EBI OLS (ols(label)) или Virtual Fly Brain. Единственный проверенный идентификатор, зашитый в код: FBbt:00003678 — эллипсоидное тело (ellipsoid body). Остальные термины связаны по названию, а не по ID: при добавлении ID проверяйте их в OLS.

2. Коннектом — настоящие данные, но выборка

Вкладка «Мозг» рисует точки из web/assets/brain/brain.bin по манифесту brain.json:

• источник — MaleCNS v1.0 (Janelia FlyEM): по манифесту 164 740 нейронов и 25 568 639 связей во всей ЦНС самца;
• показано 60 000 случайно отобранных нейронов с квантованными координатами и одной из шести грубых меток области (optic, central, mushroom, descending, vnc, sensory);
• «активность» — 11 клипов (idle, read, startle, type, focus, groom, triumph, co2, fruit, nicotine, taste): числа спайков на нейрон в бинах по 40 мс, полученные простой моделью «leaky integrate-and-fire» на реальной матрице связей при стимуляции указанной входной популяции. Это иллюстрация распространения активности, не предсказание реального ответа мозга.

Для сравнения в atlas.js (FACTS) хранится и число нейронов женского мозга по FlyWire (139 255; Dorkenwald et al. 2024; Schlegel et al. 2024). Точные условия лицензии и форму цитирования MaleCNS нужно сверить со страницей релиза (см. THIRD_PARTY_NOTICES.md).

3. Модель драйвов — карикатура с реальными якорями

web/src/core/brain/neuro.js (computeNeuro) переводит игровые показатели в уровни 0–1: «голод», «жажда», «давление сна», «свет», «испуг», «запах еды», «CO₂» и т. д., затем усредняет их по спискам drives каждой области → «активность» нейропиля для подсветки атласа. Параллельно вычисляются 17 «нейромодуляторов» (MODULATORS в atlas.js) как простые формулы от тех же показателей. Их роли и источники — настоящие, формулы — выдуманные:

Контуры (CIRCUITS, 11 штук) описаны в том же файле с источниками: часы (Konopka & Benzer 1971; Renn 1999; Grima 2004; Stoleru 2004), гомеостат сна (Hendricks 2000; Shaw 2000; Liu 2016; Donlea 2014), голод (Dus 2015; Krashes 2009; Kim & Dickinson 2017), вкус (Dahanukar 2007; Cameron 2010), обоняние (Suh 2004; Semmelhack & Wang 2009), память (Aso 2014; Hige 2015), испуг (Card & Dickinson 2008; von Reyn 2014; Ache 2019), груминг (Seeds 2014; Hampel 2015), навигация (Seelig & Jayaraman 2015; Namiki 2018), социальность (Kurtovic 2007; von Philipsborn 2011; Asahina 2014), температура и влажность (Hamada 2008; Gallio 2011; Enjin 2016).

4. Что из поведения настоящее

• Сумеречная активность и сиеста. У дрозофилы два пика активности — на рассвете (sLNv, PDF) и на закате (LNd), между ними дневная сиеста, зависящая от температуры (Grima 2004; Stoleru 2004; Majercak 1999). В игре: bump(h, 7, 2.5), bump(h, 19.5, 2.5), bump(h, 14.5, 2.2) в neuro.js; при siesta > 0.5 Коко может лечь днём на 50–100 минут. Мутанты per меняют период и амплитуду.
• Определение сна. У мух сон определяют как ≥ 5 минут неподвижности с повышенным порогом пробуждения (Hendricks 2000; Shaw 2000). Давление сна копится в кольцевых нейронах R5 (Liu 2016), dFB переключает сон (Donlea 2014; Pimentel 2016), кофеин его сокращает. В игре «давление сна» — показатель 0–100; кофеин снижает эффективность сна (factor = 1 − caffeine·0.006); лёгкий сон прерывается шумом. Оценка «качества сна» — игровая.
• Вкус и хоботок (PER). Сахар воспринимают рецепторы Gr64f на лапках и хоботке, горечь — Gr66a, воду — ppk28, соль — IR76b; реакция вытягивания хоботка запускает еду и питьё (Dahanukar 2007; Cameron 2010; Dethier 1976). DH44-нейроны в мозге проверяют питательность сахара (Dus 2015). В игре Коко «пробует лапками», а мутант Gr64f не радуется сладкому.
• Груминг. Пыль на щетинках запускает чистку в фиксированном порядке — глаза → антенны → передние лапки → брюшко → крылья → задние лапки — через иерархию подавления (Seeds 2014; Hampel 2015). В игре это текст мысли и анимация передних лапок; порядок не моделируется.
• Гигантское волокно и взлёт. Приближающийся объект → LPLC2/LC4 → гигантское волокно → взлёт за миллисекунды (Card & Dickinson 2008; von Reyn 2014; Ache 2019). В игре — «испуг» от лавины коробок, дрели, стука по стеклу, пылесоса; при сильном испуге Коко прячется под диван.
• Обоняние. Фруктовые запахи манят через гломерулы DM1/DM2/DM4, CO₂ отталкивает через V-гломерулу (Gr21a/Gr63a) (Suh 2004; Semmelhack & Wang 2009), феромон cVA — DA1 (Kurtovic 2007). В игре: банан на столе и подгоревший тост.
• Термо- и гигросенсорика. Комфорт около 25 °C; ниже ~12 °C — оцепенение, выше ~37 °C — тепловая опасность (TrpA1, IR21a/IR93a; влажность — сакулус, IR40a/IR68a) (Hamada 2008; Gallio 2011; Enjin 2016). В игре пороги 12/34 °C и урон в режиме «Выживание».
• Этанол. Перебродивший фрукт пахнет этанолом, мухи к нему тянутся и пьянеют; чувствительность зависит от аллелей cheapdate, happyhour, hangover, Adh (см. ниже).
• Локальный поиск после еды (Kim & Dickinson 2017) — упомянут в мыслях действия «исследует».

Числа в atlas.js (FACTS и описания областей): ~2000 клеток Кеньона на полушарие, ~150 часовых нейронов, ~1300 пар нисходящих нейронов (verify — оценки в литературе расходятся), взмах крыла ~200 Гц, длина тела ~2,5 мм, ≈50 гломерул в антеннальной доле, 30–100 яиц в день, сон 10–14 ч в сутки.

5. Генетика — настоящие аллели, игровые эффекты

web/src/core/genetics.js: 29 аллелей, каждый — реальный мутант с задокументированным фенотипом; эффекты (множители к чертам) — карикатура. Наследование в режиме «Поколения» — гаплоидная карикатура: каждый родительский аллель передаётся с p = 0,5, плюс небольшая мутация; несовместимые пары исключаются (per⁰ вытесняет perˢ/perᴸ, vg — Cy, sss — Sh).

6. Развитие и продолжительность жизни: реальные и игровые сроки

При 25 °C настоящая дрозофила развивается около 10 дней: яйцо ≈ 1 день, личинка ≈ 4 дня (I ≈ 1, II ≈ 1, III ≈ 2), куколка ≈ 4–5 дней; взрослая муха в лаборатории живёт обычно 40–60 дней (сильно зависит от линии, корма и температуры) (Ashburner 1989; Linford 2013). Игра сжимает это (web/src/core/modes.js):

Игровая минута = 1 секунда реального времени при скорости ×1 (в режимах «Жизнь» и «Поколения» по умолчанию ×8). Смерть от старости наступает по истечении lifespan; голод и жажда сокращают его. Причины смерти (DEATH_CAUSES): старость, голод, обезвоживание, холод (>12 ч оцепенения), перегрев, паук, аэрозоль, липкая лента, сон в ванне. В режиме «Обычный день» Коко не умирает вообще.

7. Что выдумано

Квартира, посылки, мама, работа в офисе, монеты, кофе как источник кофеина, телевизор, винил, стиральная машина — всё это метафоры человеческого быта. Факапы (сгоревший тост, взрыв в микроволновке) — игровая механика. Обучение Коко «плохим» действиям (g.memory) — грубая аллюзия на пластичность ГТ, а не её модель. Показатель «Устойчивость» не имеет биологического аналога.

The science in COCOFLY: what is real and what is caricature

COCOFLY is a game, not a simulation. Below is an honest list of what is taken from the real biology of Drosophila melanogaster, where exactly it lives in the code, and where the game deliberately simplifies or invents. All statements about the brain refer to the adult fly; references are in the shared bibliography at the end of the document.

Main disclaimer. Coco's behavioural model (web/src/core/sim.js, actions.js, brain/neuro.js) is a set of 0–100 game metrics and utility functions. It is not a simulation of the connectome: none of the 25.6 million synapses takes part in choosing what Coco does next. The neuron cloud on the "Brain" tab is lit by precomputed activity clips selected by the current action, not computed in real time.

1. Neuropil atlas — real

web/src/core/brain/atlas.js, array NEUROPILS (28 regions). Names and abbreviations follow the unified insect-brain nomenclature of Ito et al. 2014 (LA, ME, LO, LOP, AME; PB, FB, EB, NO; CA, PED, MB lobes; AL, LH; SMP, SIP, SLP; AOTU, BU, LAL; AVLP, PLP, WED, AMMC; GNG; VES; SPS). The role texts are compressed textbook summaries naming key neuron classes (T4/T5, LPLC2, E-PG, Δ7, R5, dFB, Kenyon cells, MBONs, PAM/PPL1, glomeruli DM1/DM2/DM4, V, DA1, DN1, LNv/LNd, P1). Schematic coordinates are illustrative (frontal view, not to scale); the colour grouping is a game choice.

Every region links to the Drosophila anatomy ontology FBbt via an EBI OLS search (ols(label)) or Virtual Fly Brain. The only verified identifier hard-coded is FBbt:00003678 — the ellipsoid body. Other terms are linked by name, not by ID; check any new IDs in OLS before adding them.

2. Connectome — real data, but a sample

The "Brain" tab draws points from web/assets/brain/brain.bin according to brain.json:

• source — MaleCNS v1.0 (Janelia FlyEM): per the manifest 164 740 neurons and 25 568 639 connections in the whole male CNS;
• 60 000 randomly sampled neurons are shown, with quantised coordinates and one of six coarse region labels (optic, central, mushroom, descending, vnc, sensory);
• "activity" — 11 clips (idle, read, startle, type, focus, groom, triumph, co2, fruit, nicotine, taste): spike counts per neuron in 40 ms bins from a simple leaky integrate-and-fire model run on the real wiring while a stated input population is stimulated. It illustrates how activity spreads; it is not a prediction of the real brain's response.

For comparison atlas.js (FACTS) also stores the female-brain neuron count from FlyWire (139 255; Dorkenwald et al. 2024; Schlegel et al. 2024). The exact MaleCNS license terms and citation form must be checked against the release page (see THIRD_PARTY_NOTICES.md).

3. Drive model — caricature with real anchors

web/src/core/brain/neuro.js (computeNeuro) converts game metrics into 0–1 levels — "hunger", "thirst", "sleep pressure", "light", "startle", "food odour", "CO₂" and so on — then averages them over each region's drives list to obtain a neuropil "activity" for the atlas. In parallel 17 "neuromodulators" (MODULATORS in atlas.js) are computed as simple formulas of the same metrics. Their roles and sources are real; the formulas are invented:

The 11 circuits (CIRCUITS) are described in the same file with sources: clock (Konopka & Benzer 1971; Renn 1999; Grima 2004; Stoleru 2004), sleep homeostat (Hendricks 2000; Shaw 2000; Liu 2016; Donlea 2014), hunger (Dus 2015; Krashes 2009; Kim & Dickinson 2017), taste (Dahanukar 2007; Cameron 2010), olfaction (Suh 2004; Semmelhack & Wang 2009), memory (Aso 2014; Hige 2015), startle (Card & Dickinson 2008; von Reyn 2014; Ache 2019), grooming (Seeds 2014; Hampel 2015), navigation (Seelig & Jayaraman 2015; Namiki 2018), social behaviour (Kurtovic 2007; von Philipsborn 2011; Asahina 2014), temperature and humidity (Hamada 2008; Gallio 2011; Enjin 2016).

4. Which behaviours are real

• Crepuscular activity and siesta. Drosophila has two activity peaks — dawn (sLNv, PDF) and dusk (LNd) — with a temperature-dependent midday siesta between them (Grima 2004; Stoleru 2004; Majercak 1999). In the game: bump(h, 7, 2.5), bump(h, 19.5, 2.5), bump(h, 14.5, 2.2) in neuro.js; when siesta > 0.5 Coco may nap for 50–100 minutes. per mutants change period and amplitude.
• Sleep definition. Fly sleep is defined as ≥ 5 minutes of immobility with a raised arousal threshold (Hendricks 2000; Shaw 2000). Sleep pressure accumulates in R5 ring neurons (Liu 2016), the dFB switches sleep (Donlea 2014; Pimentel 2016), caffeine shortens it. In the game "sleep pressure" is a 0–100 metric; caffeine lowers sleep efficiency (factor = 1 − caffeine·0.006); light sleepers are woken by noise. The "sleep quality" score is a game invention.
• Taste and proboscis (PER). Sugar is sensed by Gr64f receptors on tarsi and labellum, bitterness by Gr66a, water by ppk28, salt by IR76b; the proboscis extension reflex starts feeding and drinking (Dahanukar 2007; Cameron 2010; Dethier 1976). DH44 neurons in the brain check that a sugar is nutritive (Dus 2015). In the game Coco "tastes with her legs", and the Gr64f mutant gets no joy from sweets.
• Grooming. Dust on bristles triggers cleaning in a fixed order — eyes → antennae → front legs → abdomen → wings → hind legs — via a suppression hierarchy (Seeds 2014; Hampel 2015). In the game this is a thought line and a front-leg animation; the sequence itself is not modelled.
• Giant fiber and take-off. A looming object → LPLC2/LC4 → giant fiber → take-off within milliseconds (Card & Dickinson 2008; von Reyn 2014; Ache 2019). In the game: "startle" from a box avalanche, a drill, a tap on the glass, the vacuum cleaner; a strong startle sends Coco under the sofa.
• Olfaction. Fruit odours attract through glomeruli DM1/DM2/DM4, CO₂ repels through the V glomerulus (Gr21a/Gr63a) (Suh 2004; Semmelhack & Wang 2009); the pheromone cVA acts through DA1 (Kurtovic 2007). In the game: the banana on the table and the burnt toast.
• Thermo- and hygrosensation. Comfort around 25 °C; below ~12 °C torpor, above ~37 °C heat danger (TrpA1, IR21a/IR93a; humidity via the sacculus, IR40a/IR68a) (Hamada 2008; Gallio 2011; Enjin 2016). The game uses 12/34 °C thresholds and damage in Survival mode.
• Ethanol. Fermenting fruit smells of ethanol, flies are drawn to it and get intoxicated; sensitivity depends on the cheapdate, happyhour, hangover and Adh alleles (below).
• Local search after a meal (Kim & Dickinson 2017) — referenced in the "exploring" thoughts.

Numbers in atlas.js (FACTS and the region descriptions): ~2000 Kenyon cells per hemisphere, ~150 clock neurons, ~1300 pairs of descending neurons (verify — published estimates vary), ~200 Hz wingbeat, ~2.5 mm body length, ≈50 antennal-lobe glomeruli, 30–100 eggs per day, 10–14 hours of sleep per day.

5. Genetics — real alleles, game effects

web/src/core/genetics.js: 29 alleles, each a real mutant with a documented phenotype; the effects (trait multipliers) are caricatures. Inheritance in Generations mode is a haploid caricature: each parental allele passes with p = 0.5 plus a small mutation chance; incompatible pairs are removed (per⁰ displaces perˢ/perᴸ, vg displaces Cy, sss displaces Sh).

6. Development and lifespan: real versus in-game

At 25 °C a real fruit fly develops in about 10 days: egg ≈ 1 day, larva ≈ 4 days (L1 ≈ 1, L2 ≈ 1, L3 ≈ 2), pupa ≈ 4–5 days; an adult typically lives 40–60 days in the lab (strongly dependent on strain, diet and temperature) (Ashburner 1989; Linford 2013). The game compresses this (web/src/core/modes.js):

One game minute is one real second at speed ×1 (Life and Generations default to ×8). Death from old age arrives when lifespan runs out; starvation and thirst shorten it. Death causes (DEATH_CAUSES): old age, starvation, dehydration, cold (>12 h of torpor), overheating, spider, insecticide, sticky trap, falling asleep in the bath. In "An ordinary day" mode Coco never dies.

7. What is invented

The apartment, parcels, mom, the office job, coins, coffee as a caffeine source, TV, vinyl, the washing machine — all metaphors of human life. Mishaps (burnt toast, microwave explosion) are game mechanics. Coco "learning" to avoid actions that ended badly (g.memory) is a loose allusion to mushroom-body plasticity, not a model of it. The "Resilience" metric has no biological counterpart.

Библиография · Bibliography

Полные названия даны для работ, в которых мы уверены; «(verify)» — сверить перед публикацией. Full titles are given for works we are confident about; "(verify)" marks entries to check before publication.

• Ache J.M., Polsky J., Alghailani S., Parekh R., Breads P., Peek M.Y., Bock D.D., von Reyn C.R., Card G.M. (2019). Neural basis for looming size and velocity encoding in the Drosophila giant fiber escape pathway. Current Biology 29:1073–1081.
• Al-Anzi B., Armand E., Nagamei P., Olszewski M., Sapin V., Waters C., Zinn K., Wyman R.J., Benzer S. (2010). The leucokinin pathway and its neurons regulate meal size in Drosophila. Current Biology 20:969–978.
• Alekseyenko O.V., Lee C., Kravitz E.A. (2010). Targeted manipulation of serotonergic neurotransmission affects the escalation of aggression in adult male Drosophila melanogaster. PLoS ONE 5:e10806.
• Asahina K., Watanabe K., Duistermars B.J., Hoopfer E., González C.R., Eyjólfsdóttir E.A., Perona P., Anderson D.J. (2014). Tachykinin-expressing neurons control male-specific aggressive arousal in Drosophila. Cell 156:221–235.
• Ashburner M. (1989). Drosophila: A Laboratory Handbook. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
• Aso Y., Hattori D., Yu Y., Johnston R.M., Iyer N.A., Ngo T.-T.B., Dionne H., Abbott L.F., Axel R., Tanimoto H., Rubin G.M. (2014). The neuronal architecture of the mushroom body provides a logic for associative learning. eLife 3:e04577.
• Bloomquist B.T., Shortridge R.D., Schneuwly S., Perdew M., Montell C., Steller H., Rubin G., Pak W.L. (1988). Isolation of a putative phospholipase C gene of Drosophila, norpA, and its role in phototransduction. Cell 54:723–733.
• Broughton S.J., Piper M.D.W., Ikeya T., Bass T.M., Jacobson J., Driege Y., Martinez P., Hafen E., Withers D.J., Leevers S.J., Partridge L. (2005). Longer lifespan, altered metabolism, and stress resistance in Drosophila from ablation of cells making insulin-like ligands. PNAS 102:3105–3110.
• Cameron P., Hiroi M., Ngai J., Scott K. (2010). The molecular basis for water taste in Drosophila. Nature 465:91–95.
• Card G., Dickinson M.H. (2008). Visually mediated motor planning in the escape response of Drosophila. Current Biology 18:1300–1307.
• Cavey M., Collins B., Bertet C., Blau J. (2016). Circadian rhythms in neuronal activity propagate through output circuits. Nature Neuroscience 19:587–595.
• Chen J., Reiher W., Hermann-Luibl C., Sellami A., Cognigni P., Kondo S., Helfrich-Förster C., Veenstra J.A., Wegener C. (2016). Allatostatin A signalling in Drosophila regulates feeding and sleep and is modulated by PDF. PLoS Genetics 12:e1006346.
• Cirelli C., Bushey D., Hill S., Huber R., Kreber R., Ganetzky B., Tononi G. (2005). Reduced sleep in Drosophila Shaker mutants. Nature 434:1087–1092.
• Clancy D.J., Gems D., Harshman L.G., Oldham S., Stocker H., Hafen E., Leevers S.J., Partridge L. (2001). Extension of life-span by loss of CHICO, a Drosophila insulin receptor substrate protein. Science 292:104–106.
• Corl A.B., Berger K.H., Ophir-Shohat G., Gesch J., Simms J.A., Bartlett S.E., Heberlein U. (2009). Happyhour, a Ste20 family kinase, implicates EGFR signaling in ethanol-induced behaviors. Cell 137:949–960.
• Crocker A., Sehgal A. (2008). Octopamine regulates sleep in Drosophila through protein kinase A-dependent mechanisms. Journal of Neuroscience 28:9377–9385.
• Dahanukar A., Lei Y.-T., Kwon J.Y., Carlson J.R. (2007). Two Gr genes underlie sugar reception in Drosophila. Neuron 56:503–516.
• Dethier V.G. (1976). The Hungry Fly: A Physiological Study of the Behavior Associated with Feeding. Harvard University Press.
• Donlea J.M., Pimentel D., Miesenböck G. (2014). Neuronal machinery of sleep homeostasis in Drosophila. Neuron 81:860–872.
• Dorkenwald S., Matsliah A., Sterling A.R., Schlegel P., Yu S.-C., McKellar C.E., … Murthy M., Seung H.S. (2024). Neuronal wiring diagram of an adult brain. Nature 634:124–138.
• Drapeau M.D., Radovic A., Wittkopp P.J., Long A.D. (2003). A gene necessary for normal male courtship, yellow, acts downstream of fruitless in the Drosophila melanogaster larval brain. Journal of Neurobiology 55:53–72. (verify)
• Dudai Y., Jan Y.-N., Byers D., Quinn W.G., Benzer S. (1976). dunce, a mutant of Drosophila deficient in learning. PNAS 73:1684–1688.
• Dus M., Lai J.S.-Y., Gunapala K.M., Min S., Tayler T.D., Hergarden A.C., Geraud E., Joseph C.M., Suh G.S.B. (2015). Nutrient sensor in the brain directs the action of the brain-gut axis in Drosophila. Neuron 87:139–151.
• Enjin A., Zaharieva E.E., Frank D.D., Mansourian S., Suh G.S.B., Gallio M., Stensmyr M.C. (2016). Humidity sensing in Drosophila. Current Biology 26:1352–1358.
• Feder M.E., Hofmann G.E. (1999). Heat-shock proteins, molecular chaperones, and the stress response: evolutionary and ecological physiology. Annual Review of Physiology 61:243–282.
• Fujiwara Y., Hermann-Luibl C., Katsura M., Sekiguchi M., Ida T., Helfrich-Förster C., Yoshii T. (2018). The CCHamide1 neuropeptide expressed in the anterior dorsal neuron 1 conveys a circadian signal to the ventral lateral neurons in Drosophila melanogaster. Frontiers in Physiology 9:1276. (verify — the arousal-threshold role cited in atlas.js may come from a different CCHa1 paper)
• Gallio M., Ofstad T.A., Macpherson L.J., Wang J.W., Zuker C.S. (2011). The coding of temperature in the Drosophila brain. Cell 144:614–624.
• Grima B., Chélot E., Xia R., Rouyer F. (2004). Morning and evening peaks of activity rely on different clock neurons of the Drosophila brain. Nature 431:869–873.
• Hamada F.N., Rosenzweig M., Kang K., Pulver S.R., Ghezzi A., Jegla T.J., Garrity P.A. (2008). An internal thermal sensor controlling temperature preference in Drosophila. Nature 454:217–220.
• Hampel S., Franconville R., Simpson J.H., Seeds A.M. (2015). A neural command circuit for grooming movement control. eLife 4:e08758.
• Hendricks J.C., Finn S.M., Panckeri K.A., Chavkin J., Williams J.A., Sehgal A., Pack A.I. (2000). Rest in Drosophila is a sleep-like state. Neuron 25:129–138.
• Hergarden A.C., Tayler T.D., Anderson D.J. (2012). Allatostatin-A neurons inhibit feeding behavior in adult Drosophila. PNAS 109:3967–3972.
• Hige T., Aso Y., Modi M.N., Rubin G.M., Turner G.C. (2015). Heterosynaptic plasticity underlies aversive olfactory learning in Drosophila. Neuron 88:985–998.
• Isabel G., Martin J.-R., Chidami S., Veenstra J.A., Rosay P. (2005). AKH-producing neuroendocrine cell ablation decreases trehalose and induces behavioral changes in Drosophila. American Journal of Physiology — Regulatory, Integrative and Comparative Physiology 288:R531–R538.
• Ito K., Shinomiya K., Ito M., Armstrong J.D., Boyan G., Hartenstein V., … Insect Brain Name Working Group (2014). A systematic nomenclature for the insect brain. Neuron 81:755–765.
• Kim I.S., Dickinson M.H. (2017). Idiothetic path integration in the fruit fly Drosophila melanogaster. Current Biology 27:2227–2238.
• Koh K., Joiner W.J., Wu M.N., Yue Z., Smith C.J., Sehgal A. (2008). Identification of SLEEPLESS, a sleep-promoting factor. Science 321:372–376.
• Konopka R.J., Benzer S. (1971). Clock mutants of Drosophila melanogaster. PNAS 68:2112–2116.
• Krashes M.J., DasGupta S., Vreede A., White B., Armstrong J.D., Waddell S. (2009). A neural circuit mechanism integrating motivational state with memory expression in Drosophila. Cell 139:416–427.
• Kume K., Kume S., Park S.K., Hirsh J., Jackson F.R. (2005). Dopamine is a regulator of arousal in the fruit fly. Journal of Neuroscience 25:7377–7384.
• Kunst M., Hughes M.E., Raccuglia D., Felix M., Li M., Barnett G., Duah J., Nitabach M.N. (2014). Calcitonin gene-related peptide neurons mediate sleep-specific circadian output in Drosophila. Current Biology 24:2652–2664.
• Kurtovic A., Widmer A., Dickson B.J. (2007). A single class of olfactory neurons mediates behavioural responses to a Drosophila sex pheromone. Nature 446:542–546.
• Larsson M.C., Domingos A.I., Jones W.D., Chiappe M.E., Amrein H., Vosshall L.B. (2004). Or83b encodes a broadly expressed odorant receptor essential for Drosophila olfaction. Neuron 43:703–714.
• Lee G., Park J.H. (2004). Hemolymph sugar homeostasis and starvation-induced hyperactivity affected by genetic manipulations of the adipokinetic hormone-encoding gene in Drosophila melanogaster. Genetics 167:311–323.
• Lee K.-S., You K.-H., Choo J.-K., Han Y.-M., Yu K. (2004). Drosophila short neuropeptide F regulates food intake and body size. Journal of Biological Chemistry 279:50781–50789.
• Lin Y.-J., Seroude L., Benzer S. (1998). Extended life-span and stress resistance in the Drosophila mutant methuselah. Science 282:943–946.
• Linford N.J., Bilgir C., Ro J., Pletcher S.D. (2013). Measurement of lifespan in Drosophila melanogaster. Journal of Visualized Experiments 71:e50068.
• Liu Q., Liu S., Kodama L., Driscoll M.R., Wu M.N. (2012). Two dopaminergic neurons signal to the dorsal fan-shaped body to promote wakefulness in Drosophila. Current Biology 22:2114–2123.
• Liu S., Liu Q., Tabuchi M., Wu M.N. (2016). Sleep drive is encoded by neural plastic changes in a dedicated circuit. Cell 165:1347–1360.
• Livingstone M.S., Sziber P.P., Quinn W.G. (1984). Loss of calcium/calmodulin responsiveness in adenylate cyclase of rutabaga, a Drosophila learning mutant. Cell 37:205–215.
• Lobato-Rios V., Ramalingasetty S.T., Özdil P.G., Arreguit J., Ijspeert A.J., Ramdya P. (2022). NeuroMechFly, a neuromechanical model of adult Drosophila melanogaster. Nature Methods 19:620–627.
• Majercak J., Sidote D., Hardin P.E., Edery I. (1999). How a circadian clock adapts to seasonal decreases in temperature and day length. Neuron 24:219–230.
• Martelli C., Pech U., Kobbenbring S., Pauls D., Bahl B., Sommer M.V., … Fiala A. (2017). SIFamide translates hunger signals into appetitive and feeding behavior in Drosophila. Cell Reports 20:464–478.
• Melcher C., Pankratz M.J. (2005). Candidate gustatory interneurons modulating feeding behavior in the Drosophila brain. PLoS Biology 3:e305.
• Moore M.S., DeZazzo J., Luk A.Y., Tully T., Singh C.M., Heberlein U. (1998). Ethanol intoxication in Drosophila: genetic and pharmacological evidence for regulation by the cAMP signaling pathway. Cell 93:997–1007.
• Morgan T.H. (1910). Sex limited inheritance in Drosophila. Science 32:120–122.
• Namiki S., Dickinson M.H., Wong A.M., Korff W., Card G.M. (2018). The functional organization of descending sensory-motor pathways in Drosophila. eLife 7:e34272.
• Pimentel D., Donlea J.M., Talbot C.B., Song S.M., Thurston A.J.F., Miesenböck G. (2016). Operation of a homeostatic sleep switch. Nature 536:333–337.
• Quinn W.G., Sziber P.P., Booker R. (1979). The Drosophila memory mutant amnesiac. Nature 277:212–214.
• Renn S.C.P., Park J.H., Rosbash M., Hall J.C., Taghert P.H. (1999). A pdf neuropeptide gene mutation and ablation of PDF neurons each cause severe abnormalities of behavioral circadian rhythms in Drosophila. Cell 99:791–802.
• Rogina B., Reenan R.A., Nilsen S.P., Helfand S.L. (2000). Extended life-span conferred by cotransporter gene mutations in Drosophila. Science 290:2137–2140.
• Rulifson E.J., Kim S.K., Nusse R. (2002). Ablation of insulin-producing neurons in flies: growth and diabetic phenotypes. Science 296:1118–1120.
• Schlegel P., Yin Y., Bates A.S., Dorkenwald S., Eichler K., Brooks P., … Jefferis G.S.X.E. (2024). Whole-brain annotation and multi-connectome cell typing of Drosophila. Nature 634:139–152.
• Schneuwly S., Klemenz R., Gehring W.J. (1987). Redesigning the body plan of Drosophila by ectopic expression of the homoeotic gene Antennapedia. Nature 325:816–818.
• Scholz H., Franz M., Heberlein U. (2005). The hangover gene defines a stress pathway required for ethanol tolerance development. Nature 436:845–847.
• Schoofs A., Hückesfeld S., Schlegel P., Miroschnikow A., Peters M., Zeymer M., Spieß R., Chiang A.-S., Pankratz M.J. (2014). Selection of motor programs for suppressing food intake and inducing locomotion in the Drosophila brain. PLoS Biology 12:e1001893.
• Seeds A.M., Ravbar P., Chung P., Hampel S., Midgley F.M., Mensh B.D., Simpson J.H. (2014). A suppression hierarchy among competing motor programs drives sequential grooming in Drosophila. eLife 3:e02951.
• Seelig J.D., Jayaraman V. (2015). Neural dynamics for landmark orientation and angular path integration. Nature 521:186–191.
• Semmelhack J.L., Wang J.W. (2009). Select Drosophila glomeruli mediate innate olfactory attraction and aversion. Nature 459:218–223.
• Shang Y., Donelson N.C., Vecsey C.G., Guo F., Rosbash M., Griffith L.C. (2013). Short neuropeptide F is a sleep-promoting inhibitory modulator. Neuron 80:171–183.
• Shaw P.J., Cirelli C., Greenspan R.J., Tononi G. (2000). Correlates of sleep and waking in Drosophila melanogaster. Science 287:1834–1837.
• Söderberg J.A.E., Carlsson M.A., Nässel D.R. (2012). Insulin-producing cells in the Drosophila brain also express satiety-inducing cholecystokinin-like peptide, drosulfakinin. Frontiers in Endocrinology 3:109.
• Stavropoulos N., Young M.W. (2011). insomniac and Cullin-3 regulate sleep and wakefulness in Drosophila. Neuron 72:964–976.
• Stoleru D., Peng Y., Agosto J., Rosbash M. (2004). Coupled oscillators control morning and evening locomotor behaviour of Drosophila. Nature 431:862–868.
• Sturtevant A.H. (1925). The effects of unequal crossing over at the Bar locus in Drosophila. Genetics 10:117–147.
• Suh G.S.B., Wong A.M., Hergarden A.C., Wang J.W., Simon A.F., Benzer S., Axel R., Anderson D.J. (2004). A single population of olfactory sensory neurons mediates an innate avoidance behaviour in Drosophila. Nature 431:854–859.
• von Philipsborn A.C., Liu T., Yu J.Y., Masser C., Bidaye S.S., Dickson B.J. (2011). Neuronal control of Drosophila courtship song. Neuron 69:509–522.
• von Reyn C.R., Breads P., Peek M.Y., Zheng G.Z., Williamson W.R., Yee A.L., Leonardo A., Card G.M. (2014). A spike-timing mechanism for action selection. Nature Neuroscience 17:962–970.
• Williams J.A., Bell J.B., Carroll S.B. (1991). Control of Drosophila wing and haltere development by the nuclear vestigial gene. Genes & Development 5:2481–2495.
• Wu F., Deng B., Xiao N., Wang T., Li Y., Wang R., Shi K., Luo D.-G., Rao Y., Zhou C. (2020). A neuropeptide regulates fighting behavior in Drosophila melanogaster. eLife 9:e54229. (verify — the "Wu 2020" in atlas.js may refer to this DSK/aggression paper)
• Wu Q., Zhao Z., Shen P. (2005). Regulation of aversion to noxious food by Drosophila neuropeptide Y- and insulin-like systems. Nature Neuroscience 8:1350–1355.
• Yang Z., Yu Y., Zhang V., Tian Y., Qi W., Wang L. (2015). Octopamine mediates starvation-induced hyperactivity in adult Drosophila. PNAS 112:5219–5224.
• Yuan Q., Joiner W.J., Sehgal A. (2006). A sleep-promoting role for the Drosophila serotonin receptor 1A. Current Biology 16:1051–1062.
• Zhou C., Rao Y., Rao Y. (2008). A subset of octopaminergic neurons are important for Drosophila aggression. Nature Neuroscience 11:1059–1067.
• MaleCNS v1.0 — Janelia Research Campus FlyEM Project Team. Connectome of the male Drosophila central nervous system, v1.0. [Citation placeholder: author list, year, title, journal/preprint, DOI and data-release URL — fill in from the FlyEM release page.]
• Drosophila anatomy ontology (FBbt) — Costa M., Reeve S., Grumbling G., Osumi-Sutherland D. (2013). The Drosophila anatomy ontology. Journal of Biomedical Semantics 4:32; browsed via Virtual Fly Brain (virtualflybrain.org) and EBI OLS.